Der Sohn eines Bildhauers und Lehrers an der Nürnberger Kunstgewerbeschule erlernt ebenfalls das Bildhauerhandwerk, zunächst an der Kunstgewerbeschule in München. Dort lernt er 1885 Georg Pezold kennen, mit dem er zeitweise eine Arbeitsgemeinschaft eingehen und dem er ein Leben lang in tiefer Freundschaft verbunden bleiben wird. Zusammen studieren sie beim dem Bildhauer Anton Heinrich Hess und dem Architekten Leonhard Romeis. Am 24. April 1887 werden Düll und Pezold als die beiden einzigen erfolgreichen Bewerber in die Bildhauerklasse von Syrius Eberle, dem Lehrstuhlinhaber für christliche Plastik an der Königlichen Akademie der Bildenden Künste, in München aufgenommen. Hier studieren sie bis 1893, unter anderem bei dem Architekten Friedrich Thiersch, der als Professor der Technischen Hochschule an der Akademie Vorträge zur Architektur hält.
1894 zieht die Familie Düll in den erst 1892 eingemeindeten Stadtteil Bogenhausen, in die Möhlstraße 31, wo der Bildhauer in der Villa seiner Mutter eine Ateliergemeinschaft eröffnet. Eine günstige Lage, denn der neu entstehende vornehme Villenvorort hält in den folgenden Jahren für beide Künstler genügend Kundschaft bereit. Dennoch haben es die beiden nicht leicht, in der Kunststadt München zu überleben, gibt es doch jede Menge aufstrebende Konkurrenten. Ein vielseitiges Betätigungsfeld war daher unabdingbar und die Künstlergemeinschaft Düll / Pezold entwirft plastische Arbeiten an Denkmälern, Brunnen, Gebäuden, fertigt Goldschmiedearbeiten und Festdekorationen. Als während des Ersten Weltkriegs und der Inflationszeit danach Großaufträge für die beiden ausblieben, entwickeln sie sogar eine eigene »Bogenhauser Keramik«, Werkstatt und Brennofen stehen im weitläufigen Garten der Villa in der Möhlstraße 31. Oft kann der jeweilige Anteil der beiden Bildhauer an den Werken nicht mehr unterschieden werden, in jedem Fall gehören ihre Arbeiten aber zu den besten Münchner Plastiken der Zeit und sie zeigen sich sowohl als einheitliche als auch als eigenwillige Gesamtschöpfungen.
Im Zuge der rasanten Bautätigkeit der Stadt um die Jahrhundertwende arbeiten die beiden Künstler auch mit dem bekannten Bauunternehmen Heilmann & Littmann zusammen. Zahlreiche Bauplastiken entstehen an öffentlichen Gebäuden, so zieren zum Beispiel noch heute die drei Schiffe auf den Giebelfirsten das Kaufhaus Oberpollinger in der Neuhauser Straße, im Münchner Nordosten zeugt unter anderem das Tympanon am Portal der Kirche Heilig Blut, der St.-Georgi-Brunnen oder die Allegorien der vier Elemente auf der Max-Joseph-Brücke von ihrem Können. Am bekanntesten wird die Arbeitsgemeinschaft aber (in Zusammenarbeit mit dem Bildhauer Max Heilmaier) durch den Gewinn des Wettbewerbs zum Friedensdenkmal (1896), das eines der Wahrzeichen der Stadt München werden soll.
Nachdem die Düll-Villa im Zweiten Weltkrieg durch Bomben schwer beschädigt wird, zieht Heinrich Düll nach Frauenchiemsee, wo er am 17. März 1956 hochbetagt stirbt. Sein Grab befindet sich auf dem dortigen Friedhof. Sein altes Lebens- und Schaffenszentrum in der Villa in der Möhlstraße 31 aber wird 1971 komplett abgebrochen – rechtzeitig vor Inkrafttreten des Bayerischen Denkmalschutzgesetzes im Jahr 1973.