Die Stuck-Villa ist in ihrer Konzeptionierung ganz das Statussymbol eines erfolgreichen Künstlers, in der er sich selbst inszenierte. Damit kann sie inhaltlich und architektonisch quasi als „Gegenentwurf“ zum beinahe zeitgleich, in nächster Nachbarschaft entstandenen Wohnhaus des Bildhauers Adolf von Hildebrand angesehen werden. Während das eine ganz auf Repräsentation ausgerichtet war, sollte das andere nur den Zwecken der Familie dienen. Zur luxuriösen Villa an der Äußeren Prinzregentenstraße 4, heute Prinzregentenstraße 60, schrieb die »Deutsche Bauzeitung« im Jahr 1899:
»Im Verlaufe des vergangenen Jahres ist in bevorzugter Lage in München, in den Gasteig-Anlagen, das villenartige Einzel-Wohnhaus des Malers Professor Franz Stuck entstanden, ein Bau, nach den Entwürfen des Besitzers errichtet, der sowohl aus diesem Grunde wie bei der Stellung, welche Stuck im Kunstleben unserer Tage einnimmt, eine besondere Beachtung beanspruchen darf. […] Der Grundriss trägt durchaus die Züge individuellen Zuschnitts, ist aber kein Meisterstück räumlicher Gruppierung. […] Der künstlerische Schmuck aber der Räume ist ein vornehmer, auserlesener und wirkungsvoller; in seiner feinen Abstimmung im Aufwand von Farbe und Form sichert er jedem Raume seine ihm im gesellschaftlichen Leben zukommende Bedeutung. Die Rohbauarbeiten sind durch die Firma Heilmann & Littmann in München zur Ausführung gelangt. Im inneren Ausbau waren tätig Johann Odorico in München für die umfangreichen Steinmosaik-Arbeiten die Hartmann’sche Parkettbodenfabrik für Holzarbeiten, Zwisler & Baumeister für die Marmor-Arbeiten, Rudorffer, Eschle, C. Layrer, Kampmüller, Hiessmannseder u.a. für die Kunstgewerblichen Arbeiten des inneren Ausbaus. Die textilen Ausstattungsstücke wurden dem Hause L. Bernheimer in München entnommen.«
Den Dachfirst der Villa schmückten vier Marmorkopien antiker Statuen. Über bogenförmige Rampen gelangte man zum säulenbestückten Eingangsbereich, den eine schwere Bronzetür akzentuierte und der von einer vorgelagerten Brunnenanlage ausgestaltet wurde. (Seit 1936 bestückt mit der Bronzeskulptur der »Reitenden Amazone« von Franz von Stuck.) Im Erdgeschoss befand sich ein Vorplatz, Empfangszimmer, Salon, Speisesaal und kleinere Räume. Im ersten Stock bildete das zweigeschossige Atelier den Mittelpunkt des Hauses, hier befanden sich auch die Schlafräume. Ein neuer Ateliertrakt wurde 1914/15 unter Leitung von Architekt Carlo Sattler angebaut und das alte Atelier diente ab da nur noch als Festsaal. Die Stuck-Villa wurde noch zu Lebzeiten des Künstlers zu einer der ersten Adressen in München und im Jahre 1906 erhob Prinzregent Luitpold Franz Stuck sogar in den Adelsstand.
Nach dem Tod von Franz von Stuck im Jahr 1928 bewohnte seine Stieftochter Mary (verheiratet mit Albert Heilmann, dem Sohn von Jakob Heilmann) mit ihrer Familie die Villa bis 1939. Von 1946 bis 1957 zog die Hochschule für Musik in das im Zweiten Weltkrieg von Bomben teilweise zerstörte Gebäude ein. Ab 1961, nach dem Tod von Mary Heilmann, stand das Anwesen zum Verkauf; Verhandlungen mit der Stadt München und der Bayerischen Staatskanzlei scheiterten an der Finanzierung. 1964/65 Kauf der Villa durch Hans-Joachim Ziersch. Es folgten Instandsetzungsmaßnahmen. 1967 wurde der Stuck-Jugendstil-Verein Besitzer und am 9. März 1968 fand die offizielle Eröffnung der renovierten Villa statt. 1992 entschloss man sich nach unterschiedlichen Nutzungen des Gebäudes, dem sogar die Schließung drohte, die Stuck-Villa zum dritten städtischen Museum (neben Lenbachhaus und Stadtmuseum) umzubauen.
1998 erfolgte unter dem Architekturbüro Kiessler + Partner ein neuerlicher Umbau, wobei der Eingang zwischen Atelier- und Wohnhaus verlegt wurde, um sie unabhängig voneinander nutzen zu können. Durch Überglasung des Zwischenraums entstand so eine helle Eingangshalle mit Cafeteria und direkter Verbindung zum Garten. Im Eckquadranten der Villa liegt die neue Haupttreppe, die alle Ebenen beider Häuser verbindet. Der Ateliertrakt wurde weitgehend in den Urzustand zurückgebaut: Die nach 1945 im Erdgeschoss des Bildhauerateliers eingezogene Zwischendecke wurde genauso entfernt wie die Galerie im darüber liegenden Maleratelier. Nun sind beide Ebenen durch eine offene Wendeltreppe direkt verbunden.
In einem zweiten Bauabschnitt erfolgte die Renovierung der Villa durch das Architektenbüro Burmeister, Wallnöfer und Partner. Im Anschluss an das Ateliergebäude stehen entlang der Ismaninger Straße – im ehemaligen Garagentrakt – jetzt Verwaltungsräume zur Verfügung. Auch der Garten mit Pergola, einem kleinen Brunnen, Stelen und Veranda wurde wieder restauriert. Am 18. März 2005 konnte das „Gesamtkunstwerk“ Stuck-Villa wieder für das Publikum geöffnet werden.
