Das älteste Zeugnis dieser Gegend stammt vom 3. Juli 750, ausgestellt auf dem herzoglichen Sitz zu Dodiga: Der baierische Stammesherzog Tassilo III. aus dem Geschlecht der Agilolfinger schenkt dem Freisinger Bischof Josef I. eine erbetene Weidefläche. Johanneskirchen selbst wird erstmals in einer Urkunde vom 2. Oktober 815 im Zusammenhang mit bayerischem Bier erwähnt, das Johanneskirchen an das Hochstift Freising zu liefern hatte. In dieser Urkunde wird auch die „ecclesia sancti Johannis baptiste in loco Feringas“ genannt. Diese „Kirchenburg“ St. Johann Baptist war die erste Pfarrkirche der Urpfarrei Föhring. Ihr heutiger Bau stammt aus der dem 13. Jahrhundert. Erst 1688 baute man die Wehrkirche zum heutigen Aussehen um. Johanneskirchen schied im 12. Jahrhundert aus dem bischöflichen Besitzstand von Freising aus und gehörte dann zum Pfleggericht Wolfratshausen. Im 15. Jahrhundert war der Ort als geschlossene Hofmark (also mit dem Recht zur niederen Gerichtsbarkeit) im Besitz des Münchner Bürgergeschlechts der Riedler. Ottmar Riedler war um 1500 Münchens reichster Bürger. Die Hofmark wurde erst 1848 aufgelöst. 1818 wurde Johanneskirchen selbstständige Gemeinde, nach Gründung des Königreichs Bayern 1820 ein Teil der politischen Gemeinde Daglfing und am 1. Januar 1930 ein Stadtteil Münchens.

Wie der ganze Münchner Nordosten ist auch Johanneskirchen gegen Ende des 19. Jahrhunderts geprägt von den rauchenden Schloten der Ziegeleien. Sie produzieren zusammen bis zu 6 Millionen Ziegel jährlich, ehe sie wegen Unrentabilität nach 1900 geschlossen werden. Die Ziegelei der Familie Rattenhuber (heute Tennisplatz Freischützstraße) ist noch bis 1950 in Betrieb, die Baur’sche Ziegelei (ehemalige Johanneskirchner Straße 145) sogar bis 1964.

Karin Bernst hat umfassend zum Dorf und späteren Stadtviertel Johanneskirchen geforscht. Im Mai 2015 hat sie aus Anlass des 1200-Jahr-Jubiläums das Buch »Johanneskirchen. Das Dorf in der Stadt. 815-2015« vorgelegt. Aus dem selben Anlass wurden vom Verein für Stadtteilkultur im Münchner Nordosten e.V. im Mai 2015 an 17 wichtigen Punkten des Ortes Informationstafeln mit Texten und historischem Bildmaterial als Geschichtspfad angebracht. Bernst, Karin: Johanneskirchen. Das Dorf in der Stadt 815–2015 ISBN: 978-3-86906-750-6, Allitera Verlag, 184 S., Paperback, € 19,90, zuzüglich Versandgebühr 2015: Johanneskirchen feiert seinen 1200. Geburtstag – wobei die historische Urkunde nur die Kirche des heiligen Johannes Baptist zu Föhring »ecclesia sancti Johannis baptiste in loco feringas« erwähnt … Genau genommen ist die Ansiedlung viel älter! Über 1200 Jahre Ortsgeschichte sind Anlass genug, den Werdegang Johanneskirchens bis in die Gegenwart in einem Buch zu würdigen. Karin Bernst hat mit viel Spürsinn und Forschergeist eine Fülle von Informationen über Johanneskirchen zusammengetragen und mit diesem Buch einen historischen Wegweiser geschaffen – für »Eingesessene« und künftige Johanneskirchner. 1200 Jahre Johanneskirchen: historische Informationstafeln (Mai 2015)